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Maus- und Tastaturbefehle Bearbeiten

ProteinmodelleBearbeiten

Ansicht Taste Beschreibung entspricht
Stäbchenmodell (ohne H) Shift+Strg+C wechselt die Ansicht des Proteins auf das Stäbchenmodell, Wasserstoff wird nicht angezeigt (Farbgebung: Kohlenstoff = grau, Stickstoff = blau, Sauerstoff = rot, Schwefel = gelb) Color: CPK
View Protein: Stick
Stäbchenmodell (mit polarem H) Shift+Strg+V wechselt die Ansicht des Proteins auf das Stäbchenmodell, nur polarer Wasserstoff wird angezeigt (Farbgebung: H = weiß, C = grau, N = blau, O = rot, S = gelb) Color: CPK
View Protein: Stick+polarH
Stäbchenmodell (mit H) Shift+Strg+B wechselt die Ansicht des Proteins auf das Stäbchenmodell, Wasserstoff wird angezeigt (Farbgebung: H = weiß, C = grau, N = blau, O = rot, S = gelb) Color: CPK
View Protein: Stick+H
Röhrenansicht Shift+Strg+S das Rückgrat wird als gleichmäßig dicke Röhre angezeigt Color: Score/Hydro
View Protein: Trace Tube
breite Linien Shift+Strg+L breite 2D-Linien mit Standardfarben um Performanceproblemen langsamer Computer entgegen zu wirken. Wird das Foldit-Programmfenster minimiert, steigert das ebenfalls die Rechengeschwindigkeit. Color: Score/Hydro
View Protein: Trace Line
Strichmodell (ohne H) Shift+Strg+D dünne Linien mit den Farben des Stäbchenmodells, Wasserstoff wird nicht angezeigt Color: CPK
View Protein: Line
Strichmodell (mit polarem H) Shift+Strg+F dünne Linien mit den Farben des Stäbchenmodells, nur polarer Wasserstoff wird angezeigt Color: CPK
View Protein: Line+polarH
Strichmodell (mit H) Shift+Strg+G dünne Linien mit den Farben des Stäbchenmodells, Wasserstoff wird angezeigt Color: CPK
View Protein: Line+H
EnzDes-Ansicht Shift+Strg+X Ansicht für Enzymdesign Color: EnzDes
View Protein: Cartoon Thin
Normalansicht Shift+Strg+M wechselt zurück zur Standardansicht. Color: Score/Hydro
View Protein: Cartoon

Eigene SpeicherständeBearbeiten

Speicherstand 1 (2, 3) setzen Shift+Strg+1 (+2, +3)
Speicherstand 1 (2, 3) laden Strg+1 (+2, +3)
Sekundärstruktur speichern Shift+Strg+9
Sekundärstruktur laden Strg+9

Ansicht verändernBearbeiten

Protein verschieben Rechtsklick auf den Hintergrund und die Maus bewegen.
Protein drehen Linksklick auf den Hintergrund und die Maus bewegen.
Protein zentrieren Home oder Pos1
Zoom Mausrad oder Shift+Linksklick auf den Hintergrund und die Maus bewegen.
Informationen anzeigen und Notizen machen Wenn sich der Mauszeiger über einer Aminosäure befindet, kann man die Tab(ulator)-Taste drücken. Es werden dann die Nummer und der Name der Aminosäure und ihre Punktewertungen angezeigt. Außerdem kann man kurze Notizen zu den jeweiligen Segmenten in ein kleines Fenster schreiben. Diese Texte werden dann in Sprechblasen angezeigt.
"Salamitaktik" Strg+Alt halten und mit Linksklick auf den Hintergrund die Maus nach oben bewegen lässt das Protein scheibchenweise von vorne nach hinten immer weiter verschwinden. Wird die Maus nach unten bewegt, erscheint es wieder.
"Nebel des Grauens" Strg+Shift halten und mit Linksklick auf den Hintergrund die Maus nach unten bewegen lässt das Protein von hinten nach vorne immer weiter in dichtem Nebel verschwinden. Wird die Maus nach oben bewegt, verschwindet der Nebel wieder.
"Smog" Shift+Alt halten und mit Linksklick auf den Hintergrund die Maus nach unten bewegen lässt die Luft um das Protein immer diesiger werden. Wird die Maus nach oben bewegt, verzieht sich der Dunst wieder.
Segment fokussieren Wenn sich der Mauszeiger über einer Aminosäure befindet, kann man Q drücken. Das ausgewählte Segment wird dann vertikal und horizontal fokussiert. Drückt man Shift+Q wird es zusätzlich auch noch in der Raumachse fokussiert; Teile des Proteins die vor und hinter dem gewählten Segment liegen werden teilweise unsichtbar. Q auf den Hintergrund hebt die Fokussierung wieder auf.

Teile des Proteins auswählenBearbeiten

Segmente auswählen Linksklick auf ein Segment wählt dieses aus, Shift+Linksklick wählt alle Segmente in einer Reihe vom Erst- bis zum Letztgewählten aus, Strg+Linksklick fügt der Auswahl ein weiteres Segment hinzu.
Bereich auswählen Shift+Strg+Linksklick auf ein Segment und die Maus bewegen wählt in einem kugelförmigen Bereich Teile des Proteins aus (mit dem angeklickten Segment als Mittelpunkt der Auswahl).
Sekundärstruktur auswählen Doppelklick wählt die ganze Sekundärstruktur aus (bei einer Schleife wird nur die Schleife ausgewählt, bei einer Helix oder einem Faltblatt werden zusätzlich die beiden angrenzenden Schleifen ausgewählt).
Auswahl aufheben Linksklick auf den Hintergrund löscht die gesamte Auswahl wieder.

Manipulationen am ProteinBearbeiten

Protein verformen Linksklick auf das Rückgrat und die Maus bewegen.
Seitenkette drehen oder verformen Linksklick auf die Seitenkette und die Maus bewegen oder das entsprechende Segment auswählen und mit den Pfeiltasten links und rechts durch die möglichen Formen schalten.
Einfrieren / Auftauen Rechtsklick (eine Aminosäure) oder doppelter Rechtsklick (ganze Sekundärstruktur).
Gummiband Rechtsklick auf eine Aminosäure und die Maus bewegen.
Tweak Wird eine Helix oder ein Faltblatt ausgewählt (und mindestens die beiden angrenzenden Schleifensegmente), erscheint automatisch das Tweak-Werkzeug.
Alle Aktionen stoppen Leertaste

Aktionsmenü Bearbeiten

Das Aktionsmenü befindet sich am unteren Rand des Foldit-Fensters und besteht aus unterschiedlichen Buttons, die in verschiedenen Konstellationen zu sehen sind (oder auch nicht), je nachdem, welche Teile des Proteins gerade ausgewählt sind und um welche Art Puzzle es sich handelt.

Aktion Taste Was macht dieses Werkzeug? Icon(s)
Wiggle W Versucht, die ausgewählten Teile des Rückgrats und der Seitenketten kontinuierlich in eine bessere Form zu bringen. Ist nichts ausgewählt, wird die Aktion auf das gesamte Puzzle angewendet. WallNIWNI
Wiggle Sidechains E Versucht, die ausgewählten Seitenketten kontinuierlich in eine bessere Form zu bringen. Ist nichts ausgewählt, wird die Aktion auf alle Seitenketten angewendet. EallNIENI
Wiggle Backbone T Versucht, die ausgewählten Teile des Rückgrats kontinuierlich in eine bessere Form zu bringen. Ist nichts ausgewählt, wird die Aktion auf das gesamte Rückgrat angewendet.
Shake S "Schüttelt" die ausgewählten Seitenketten in bessere Positionen, ohne das Rückgrat zu bewegen. Konflikte werden, wenn möglich, bereinigt. Ist nichts ausgewählt, wird die Aktion auf alle Seitenketten angewendet. SallNISNI
Loop L Ändert die Sekundärstruktur des ausgewählten Teils des Rückgrats in eine Schleife. LNI
Helix K Ändert die Sekundärstruktur des ausgewählten Teils des Rückgrats in eine Helix. (Für die Korkenzieherform wird dann noch ein Rebuild benötigt). KNI
Sheet J Ändert die Sekundärstruktur des ausgewählten Teils des Rückgrats in ein Faltblatt. (Für die gestreckte Form wird dann noch Rebuild oder Tweak benötigt). JNI
Rebuild O Probiert unterschiedliche Faltungen des ausgewählten Teils des Rückgrats aus. ONI
Delete all bands Z Beseitigt alle Gummibänder auf einen Schlag. ZNI
Disable all bands/
Enable all bands
D Deaktiviert alle Gummibänder auf einmal. Sie bleiben dabei aber an ihrem Platz und können mit dem selben Befehl auch wieder aktiviert werden. DdisableNIDenableNI
Align Guide A Richtet den Guide nach dem Protein oder dem ausgewählten Teil des Proteins aus. AallNIANI
Mutate sidechain to their best identities Y Versucht durch das Auswechseln der veränderbaren Seitenketten einen möglichst hohen Score zu erreichen. (Nur bei Design-Puzzlen) IconYallNIIconYNI
Mutate segment M Zeigt am unteren Bildschirmrand sämtliche Aminosäuren an. Hier kann man mit einem Mausklick auswählen, durch welche Aminosäure man die markierte(n) gerne austauschen möchte. (Nur bei Design-Puzzlen) IconMNI
Delete segment(s) X Löscht die ausgewählte(n) Aminosäure(n). (Nur bei Design-Puzzlen) IconXNI
Insert segment(s) I Ein Schieberegler wird geöffnet, mit dem man auswählen kann, wie viele Segmente eingefügt werden sollen. Nach der Bestätigung mit "OK" muss man mit einem Klick auf einen der erscheinenden Pfeile die gewünschte Position der neuen Aminosäure(n) wählen. (Nur bei Design-Puzzlen) IconINI

Buttonleiste Bearbeiten

FolditButton Ein Klick auf den Foldit-Button unten links (oder die Taste H) lässt am linken Fensterrand weitere Buttons erscheinen:

SocialBearbeiten

SocialButton Ein Klick auf den Social-Button (oder die Taste N) öffnet das Menü "Soziales":

SocialNI

Soziales Taste Erklärung
Exploration Map Shift+L Zeigt auf einer Karte eigene und fremde Lösungen als Punkte an.
Buddies Shift+I Öffnet das Freunde-Menü.
Duels Shift+U Öffnet das Duell-Menü. Hier kann man andere Spieler zu Duellen herausfordern.
Oracle Shift+O Hebt die Teile deiner Lösung hervor, an denen noch am meisten gearbeitet werden muss, indem es die anderen Teile transparent macht. Kostet einen "Award"-Punkt.
Peekaboo Shift+P Lädt eine der besten Lösungen aller Spieler für zwei Minuten als Guide. Kostet zwei "Award"-Punkte.
"Your Award Points" zeigt an, wieviele Punkte man noch für "Oracles" und "Peekaboos" zur Verfügung hat. Man kann sein Punktekonto auffüllen, indem man Duelle gewinnt. Der Verlierer eines Duells bekommt keine Punkte abgezogen.

CookbookBearbeiten

CookButton Ein Klick auf den Cookbook-Button (oder die Taste C) öffnet das Kochbuch

BehaviorBearbeiten

BehaviorButton Ein Klick auf den Behavior-Button (oder die Taste B) öffnet den Schieberegler "Clashing Importance":

BehaviorOptionsNI

Verhalten Erklärung
Clashing Importance Mit dem Schieberegler kann man einstellen, wie stark das Programm versucht, Konflikte (Clashes) zu vermeiden, bzw. loszuwerden.
Die Voreinstellung (Regler ganz rechts auf 1.00) entspricht dem herkömmlichen Verhalten: Die Verhinderung von Konflikten hat oberste Priorität. Dies hat zur Folge, dass manche Proteine nach Manipulationen, die viele Konflikte entstehen lassen, durch einen darauf folgenden Wiggle regelrecht explodieren.
Verschiebt man den Regler nach ganz links (auf 0.00), werden Konflikte vom Programm überhaupt nicht mehr zu verhindern versucht. Mit einer Position zwischen diesen beiden Extremen kann man das Verhalten in 0.01er-Schritten einstellen.

UndoBearbeiten

UndoButton Ein Klick auf den Undo-Button (oder die Taste U) öffnet das "Undo"-Menü:

UndoNI

Undo Taste Erklärung
Undo Strg+Z Macht die jeweils letzte Aktion rückgängig. Man kann auch direkt auf den Undo-Graphen klicken, um zu einem bestimmten Punkt zurückzukehren.
Redo Strg+Y Macht das jeweils letzte Undo rückgängig.
Clear Löscht den Undo-Speicher und Graphen.
Restore Very Best Strg+B Holt die bisher beste eigene Lösung für dieses Puzzle zurück.
Restore Rcnt Best Strg+N Holt die beste eigene Lösung zurück, die nach dem Drücken von "Set Rcnt Best" erspielt wurde.
Set Rcnt Best Strg+Shift+N Setzt die jetzige Lösung als neue Bestmarke. Die allerbeste Lösung kann trotzdem noch mit "Restore Very Best" wiederhergestellt werden.
Reset Puzzle Strg+R Setzt das gesamte Protein auf den Anfangswert zurück.
Reset Structures Strg+E Setzt die Sekundärstrukturen auf die Anfangswerte zurück.
Graph Properties Öffnet ein Fenster, in dem man die maximale Länge des Undo-Graphen (25-100 Aktionen) und die Speichernutzung für Undo (0-100%) auswählen kann und das anzeigt, welche Aktion für welche Farbe des Graphen steht.

View Bearbeiten

ViewButton Ein Klick auf den Button "View Options" (oder die Taste V) öffnet die Ansichtsoptionen:

(Rot unterlegte Optionen sind nur sichtbar, wenn unter Main --> General Options Show advanced GUI angekreuzt ist.)

View OptionsBearbeiten

Ansichtsoptionen Taste Erklärung
Show clashes Shift+C Wo Teile des Proteins zu nahe beieinander stehen, erscheinen rote Sterne.
Show exposeds Shift+X Markiert hydrophobe (wasserscheue) Seitenketten, die aus dem Protein herausragen.
Show voids Shift+V Wo im Inneren des Proteins zuviel freier Raum ist, erscheinen rote Blasen.
Show bonds Alle Wasserstoff- und Disulfidbrückenbindungen werden angezeigt. (Nur im normalen GUI)
Show bonds (sheet) Shift+B Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Faltblättern werden angezeigt.
Show bonds (helix) Shift+H Wasserstoffbrückenbindungen in Helices werden angezeigt.
Show bonds (loop) Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Schleifen werden angezeigt.
Show bonds (sidechain) Wasserstoff- und Disulfidbrückenbindungen zwischen Seitenketten werden angezeigt.
Show bonds (non-protein) Wasserstoffbrückenbindungen an Nicht-Proteinen werden angezeigt.
Show bondable atoms Strg+W Zeigt Atome an, die die oben ausgewählten Wasserstoffbrückenbindungen bilden können.
Show constraints Shift+E Zeigt Randbedingungen an.
Show isosurface Strg+I Zeigt Iso-Oberfläche.
Color mutated segments Strg+M Färbt ausgewechselte (mutierte) Aminosäuren weiß ein.
X-ray tunnel for ligand Strg+D Schaltet den Röntgentunnel für Liganden ein.
Use relative score coloring Shift+R Relative Farbgebung für das Rückgrat: der schlechteste Teil wird knallrot, der beste sattgrün eingefärbt.
Color relative to guide Shift+F Färbt das Protein rot, wo es schlechter und grün wo es besser ist als der Guide.
Show guide Shift+S Zeigt den Guide (graues Geisterprotein) an, wenn einer geladen wurde.
Fade GUI Blendet Teile der graphischen Benutzeroberfläche automatisch aus, wenn das Protein verschoben oder rotiert wird.
Hide GUI Shift+G Blendet Teile der graphischen Benutzeroberfläche dauerhaft aus.
Use issue analysis display Zeigt Hinweise über problematische Stellen des Proteins an.
Show outlines Shift+L Zeichnet dunkle Außenlinien um das Protein.
Dark background Dunkler Hintergrund.
Pulse when working Während eine Aktion ausgeführt wird, pulsieren die Farben des Proteins.
Default view options Stellt die Ansichtsoptionen auf die Standardeinstellungen zurück.

ColorBearbeiten

Farbe Erklärung
CPK färbt das Protein dem Stäbchenmodell entsprechend ein: Wasserstoff = weiß, Kohlenstoff = grau, Stickstoff = blau, Sauerstoff = rot, Schwefel = gelb
EnzDes Einfärbung für Enzymdesign
Hydro färbt hydrophobe Aminosäuren komplett orange und hydrophile komplett blau ein (auch den Rückgratteil)
Hydro/Score färbt nur den Rückgratteil hydrophober Aminosäuren orange und hydrophiler Aminosäuren blau ein, die Seitenketten hingegen werden entsprechend ihres Punktwertes (Score) eingefärbt
Hydro/Score+CPK wie Hydro/Score, zusätzlich werden einige Atome entsprechend des Stäbchenmodells eingefärbt
Rainbow das gesamte Protein wird von vorne (blau) bis hinten (rot) wie ein Regenbogen eingefärbt
Score das gesamte Protein wird entsprechend des Punktwertes (Score) eingefärbt
Score/Hydro das Rückgrat wird entsprechend des Punktwertes (Score) eingefärbt, die Seitenketten hingegen orange/blau (hydrophob/hydrophil)
Score/Hydro+CPK wie Score/Hydro, zusätzlich werden einige Atome entsprechend des Stäbchenmodells eingefärbt

View ProteinBearbeiten

Proteinansicht Erklärung
Cartoon die klassische Ansicht in Foldit
Cartoon Thin die klassische Ansicht mit etwas dünneren loops und Seitenketten
Line Strichmodell (dünne Linien), Wasserstoff wird nicht angezeigt
Line+H Strichmodell (dünne Linien), Wasserstoff wird angezeigt
Line+polarH Strichmodell (dünne Linien), nur polarer Wasserstoff wird angezeigt
Sphere Kalottenmodell, die Wirkungsbereiche der einzelnen Atome werden als sich überschneidende Sphären angezeigt
Stick Stäbchenmodell, Wasserstoff wird nicht angezeigt
Stick+H Stäbchenmodell, Wasserstoff wird angezeigt
Stick+polarH Stäbchenmodell, nur polarer Wasserstoff wird angezeigt
Trace Line breite 2D-Linie
Trace Tube das Rückgrat wird als gleichmäßig dicke Röhre angezeigt

View SidechainsBearbeiten

Ansicht Seitenketten Taste Erklärung
Don't Show (Fast) Shift+D Seitenketten sind nicht zu sehen. (Schnell)
Show Stubs Shift+T Nur Stummel der Seitenketten sind zu sehen.
Show All (Slow) Shift+A Alle Seitenketten sind komplett zu sehen. (Langsam)
Show sidechains with clashes or exposeds Zeigt problematische Seitenketten (stehen nach außen ab, obwohl sie hydrophob sind oder verursachen Konflikte).

Main Bearbeiten

MainButton Ein Klick auf den Main-Button (oder die Taste P) öffnet das Hauptmenü:

MenuNI

Main Taste Erklärung
Puzzle Menu Strg+P Im Puzzle Menü kann man wählen zwischen den Einführungspuzzlen (Intro Puzzles), den wissenschaftlichen Puzzlen (Science Puzzles) und Wettbewerben (Contests).
General Options Strg+T Ein Menü mit generellen Spieloptionen erscheint:
  • Sound effects schaltet die Geräuscheffekte ein
  • Background music schaltet die Hintergrundmusik ein
  • Colorblind mode schaltet den Modus für Farbenblinde ein
  • Switch right/middle click vertauscht Rechts- und Mittelklick
  • Show advanced GUI zeigt den eigenen Score auf 3 Stellen hinter dem Komma genau und ggf. auch als Negativwert an; außerdem werden unter View mehr Anzeigeoptionen zur Auswahl gestellt
Show Alignment L Startet das Alignment-Tool. (Nur bei Alignment-Puzzlen aktiviert)
Save Solution Strg+S Speichert die aktuelle Lösung unter einem beliebigen Namen. Im Feld Description kann man eine Beschreibung der Lösung eingeben.
Open/Share Solutions Strg+O Hier kann man Lösungen öffnen, speichern oder umbenennen; eigene Lösungen für das Team auf den Server hochladen oder Lösungen von Teamkollegen zum Verbessern oder als Guide herunterladen.
Save Screenshot Strg+H Speichert ein aktuelles Bildschirmfoto als PNG-Datei auf dem Desktop.
Help Ein Hilfe-Bildschirm mit Listen der Tastatur- und Mausbefehle erscheint.
Glossary Ein Bildschirm mit Begriffsbestimmungen erscheint.
Original Interface Schaltet zurück auf das Original-Interface
Save and Exit Strg+X Speichert die aktuelle Lösung und beendet das Programm.

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