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Als Wasserstoffbrücken werden Bindungen zwischen Wasserstoffatomen (von verschiedenen Aminosäuren) durch elektrische Anziehungskraft bezeichnet. Sie werden in Fold.it durch weiß-bläuliche Säulen dargestellt.

Wasserstoffbrücken sind verglichen mit anderen Bindungskräften eher schwach, kommen aber im Protein häufig vor und bestimmen maßgeblich seine Gestalt mit. Sehr viele Wasserstoffbrücken sind daher ein Indiz für eine gute Rückgratstruktur. Am offensichtlichsten sind diese Bindungen zwischen Falblättern. Hier sorgen sie dafür, dass die Faltblätter, in einer meist leicht gewölbten Form, aneinander schließen.

Fold.it kann vier Arten von Wasserstoffbrücken anzeigen: Die zwischen Faltblättern, die zwischen Helices, die zwischen Seitenketten und die zwischen den Rückgratteilen.
Drei verschiedene Dicken der Waserstoffbrücken spiegeln die Stärke der Bindungen wieder.