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Ein Void (en: Leere, leerer Ort) ist ein unausgefüllter Raum im Protein. Er wird durch eine rote "Kugel" angezeigt, sofern diese Ansicht eingeschaltet ist (View -> show Voids).


Ein gut gefaltetes Protein weist "keine oder nur sehr wenige" Voids auf. Fold.it zeigt 3 verschiedene Größen von Voids an, die Darstellung zeigt also nicht genau die "reale" Größe. Es ist ein wichtiges Ziel des Spielers, möglichst alle Voids durch Neuanordnung des Rückgrates oder durch Seitenkettenpositionierung zu schließen.