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Das eingefrorene (hellblau) Gebiet zeigt typische U-Kurven und die anschließenden Teile der sheets

Eine U-Kurve entsteht, wenn ein 3-5 Teile großer Abschnitt des Rückgrats bestehend aus loops eine Kurve zwischen zwei sekundären Strukturen macht. Diese sekundären Strukturen sind normalerweise ein Paar durch Wasserstoffbrücken verbundene sheets. Eine U-Kurve kann aber auch zwischen zwei Helices oder einem sheet und einer Helix vorkommen.
Genau genommen sind U-Kurven keine sekundären Strukturen. Sie können weder Wasserstoffbrücken noch Disulfidbrücken haben, die sie verbinden, wie es bei sheets und Helices ist. Dennoch kommen U-Kurven regelmäßig in Proteinen vor, und sie enthalten vielleicht eigene strategischen Überlegungen. Diese Gemeinsamkeiten zu finden könnte von großem Wert für Foldit sein.

Zum Beispiel ist oft bemerkt worden, dass U-Kurven typischer Weise sehr niedrig punktende Aminosäuren enthalten. Eine U-Kurve ist oftmals der am niedrigsten punktende Bereich eines Proteins, aber das heißt nicht notwendiger Weise, dass es immer eine gute Region für Verbesserungen ist. Denn auch wenn die lokale Region schlecht punktet, kann die Präsenz und der Ort der U-Kurve es anderen, sehr großen Regionen erlauben, sehr gut zu punkten. Die U-Kurve zu verbessern könnte diese Regionen aus ihrer Anordnung werfen. Eine U-Kurve zwischen zwei gut platzierten sheets, die durch viele Wasserstoffbrücken verbunden sind und bei denen die Hydrophoben tief im Protein verborgen sind, führt dazu, dass die sheets sehr gut punkten. Die U-Kurve zu verändern, um ihren Punktwert zu verbessern, mag oder mag keine Punkte bringen, je nachdem, wie diese Veränderungen die globale Struktur beeinflussen.

Dies gesagt, sind U-Kurven dennoch oft gute Ziele für rebuilds, lokales wiggeln und die manuelle rebuild Strategie. Friere die sheets oder Helices ein, die die U-Kurve verbindet, und benutze lokale Veränderungen bis sich das Protein stabilisiert. Das ist empfehlenswert, wenn man die guten Eigenschaften der verbundenen Teile erhalten und gleichzeitig die Möglichkeiten einer alternativen U-Kurven Konfiguration erkunden möchte.

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