Shake (schütteln, shortcut: s ) sucht automatisch die beste Position für alle Seitenketten des Proteins. Eingefrorene Seitenketten werden nicht bewegt.

Einge Seitenketten einzufrieren, dann einen globalen shake durchzuführen und zu wiggeln kann zu einem Punkteanstieg führen.

Wenig ist bekannt über die Alghorithmen, die den Seitenketten-shake durchführen, und einige Spiele bevorzugen es, zumindest einige der Seitenketten manuell zu positionieren. Entweder, um einem höheren Punktwert zu erreichen, oder um Konflikte zwischen Seitenketten zu provozieren. Dies kann nach wiggeln zu einer neuen Rückgratform führen.