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Das Rückgrat ist die Primärform des Proteins, gebildet wenn sich Aminosäuren miteinander Ende an Ende mit Hilfe von Peptidbindungen verbinden. Das lässt ihre Seitenketten vom Rückgrat abstehen. Es gibt viele Wege, das Rückgrat in Foldit zu verändern, wie z.B. Nudge, Rebuild, Tweak und Wiggle.

Jeder Abschnitt des Rückgrats lässt sich im Strukturmodus in Faltblätter (engl. sheets), Helices oder Schleifen (engl. loops) ändern. Im Normalfall ist das Protein aber schon zu 90% in der korrekten Strukturform. Zu Hilfszwecken kann eine Veränderung aber nützlich sein. Einige Spieler bevorzugen eine nur-Loops Ansicht, dies kann aber bei größeren Proteinen schnell unübersichtlich werden. Mit "Reset Structures" kann die Struktur jederzeit zurückgesetzt werden.