Im Designmodus kann man einige (nicht alle) Aminosäuren gegen andere austauschen. Außerdem können Aminosäuren hinzugefügt oder entfernt werden.

Inhaltsverzeichnis 1 Umwandeln 2 Einfügen/Löschen 3 Proteindesign im Auswahl-Interface 3.1 Umwandeln 3.2 Einfügen/Löschen

UmwandelnBearbeiten

Wenn man mit der linken Maustaste auf eine austauschbare (erkennbar an der leuchtend satten Farbe) Aminosäure klickt, erscheint das kreisrunde Mutate Menu (Umwandlungsmenü). Hier kann man mit einem Mausklick auswählen, durch welche Aminosäure man die alte gerne austauschen möchte.
Im inneren blauen Kreis finden sich die hydrophilen, im äußeren orangefarbenen Kreis die hydrophoben Aminosäuren. Ein weißer Rand um eine Seitenkette zeigt an, dass dies die voreingestellte Aminosäure an dieser Stelle des Proteins ist, bzw. war. Im Beispielbild ist das ALAnin (A).

Einfügen/LöschenBearbeiten

Klickt man mit der rechten oder mittleren Maustaste (oder Shift+Linksklick) auf eine Aminosäure, erscheint das Insert/Delete Menu (Einfügen/Löschen-Menü). Insert One/Two/Three Between fügt an dieser Stelle 1, 2 oder 3 zusätzliche Aminosäuren ein, Delete (Both) löscht die (beiden) ausgewählte(n) Aminosäure(n).

Proteindesign im Auswahl-InterfaceBearbeiten

Im Selection Interface gibt es keinen speziellen Designmodus mehr. Stattdessen erscheinen dort bei Designpuzzlen automatisch die entsprechenden Werkzeuge im Aktionsmenü, wenn eine oder mehrere austauschbare Aminosäuren ausgewählt sind.

UmwandelnBearbeiten

Sind eine oder mehrere austauschbare Aminosäuren ausgewählt, kann man auf Mutate segment klicken oder die Taste M drücken. Es erscheint dann das Mutate Menu (Umwandlungsmenü):

Hier kann man mit einem Mausklick (oder der entsprechenden Taste, z.B. R für Arginin) auswählen, durch welche Aminosäure man die alte gerne austauschen möchte. In der oberen Reihe finden sich (blau hinterlegt) die hydrophilen, in der unteren (orange hinterlegt) die hydrophoben Aminosäuren. Ein Sternchen neben dem Dreibuchstabencode zeigt an, dass dies die voreingestellte Aminosäure an dieser Stelle des Proteins ist, bzw. war. Im Beispielbild ist das ARGinin (R).
Ein Klick auf Back (oder die Taste B) lässt das Menü wieder verschwinden.

Einfügen/LöschenBearbeiten

Ist eine Aminosäure ausgewählt, an der ein oder mehrere Segmente eingefügt werden dürfen, kann man auf Insert segment(s) (Segment(e) einfügen) klicken oder die Taste I drücken. Es wird dann ein Schieberegler geöffnet, mit dem man auswählen kann, wie viele Segmente eingefügt werden sollen. Nach der Bestätigung mit "OK" muss man mit einem Klick auf einen der erscheinenden Pfeile die gewünschte Position der neuen Aminosäure(n) wählen.

Sind eine oder mehrere löschbare Aminosäuren ausgewählt, kann man auf Delete segment(s) (Segment(e) löschen) klicken oder die Taste X drücken. Die ausgewählten Aminosäuren werden dann gelöscht.