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"CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction; dt.: kritische Überprüfung von Techniken zur Vorhersage von Proteinstrukturen) ist ein seit 1994 zweijährig stattfindendes Gemeinschaftsexperiment (häufig auch als Wettbewerb bezeichnet),[...].

CASP bietet Forschergruppen die Möglichkeit, die Qualität ihrer Methoden zur Vorhersage von Proteinstrukturen ausgehend von der Primärstruktur zu testen und sich einen Überblick über den aktuellen Stand auf diesem Forschungsgebiet zu verschaffen.

Dazu werden noch nicht veröffentlichte Proteinstrukturen als Vorgabe für die Berechnungen verwendet und die Ergebnisse der Berechnungen dann mit experimentellen Laborergebnissen verglichen."
(Auszug aus dem deutschen Wikipedia-Artikel)


Mini-CASP Bearbeiten

Bei Mini-CASP-Puzzlen wird die Tertiärstruktur, die während der Laufzeit der einzelnen Puzzle noch unbekannt ist, schon kurz nach Beendigung bekanntgegeben. Sie haben mit dem CASP-Wettbewerb nichts zu tun, werden aber vom Foldit-Team und den Spielern dazu genutzt, sich auf ihn vorzubereiten.


CASP8 Bearbeiten

Foldit war das erste Mal (allerdings nur als Teil des BakerLab-Teams) beim achten Wettbewerb (CASP8) vertreten, welcher 2008 stattfand. Zur Vorbereitung wurden von den Spielern alte CASP7-Proteine gefaltet und die Ergebnisse von den Entwicklern mit den veröffentlichten Strukturen verglichen.

Einige Tage nach dem Start von CASP8[1] wurde gerade einmal die erste offene Betaversion von Foldit veröffentlicht.[2] Die Spieler und Entwickler haben dann einen Monat lang trainiert und das Programm weiterentwickelt, bevor sie sich an ihrem ersten CASP8-Puzzle versuchten.[3] Aufgrund dessen haben sie sich auch nur an relativ wenigen Targets des Wettbewerbs beteiligt. Trotz dieser Handicaps waren einige Plätze in den Top 3 und sogar ein Sieg die sehr guten Ergebnisse. Insgesamt waren die Foldit-Spieler genauso gut wie die Experten mit all ihren Werkzeugen und besser als alle vollautomatischen Computereinsendungen.[4]


CASP9 Bearbeiten

Hauptartikel zu CASP9

CASP9 fand vom 3. Mai bis zum 20. August 2010 statt, Ergebnisse wurden im November/Dezember 2010 bekanntgegeben.[5]
Beim CASP9 trat Foldit erstmals als eigenständiges Team auf.[6]
Jedes Team (in diesem Fall ist das Foldit-Team als Ganzes gemeint, nicht die einzelnen Gruppen innerhalb von Foldit) konnte pro Target bis zu 5 verschiedene Vorhersagen abgeben.[7] Das Foldit-Team hat auf jeden Fall die Vorhersage mit dem höchsten Score eingesandt. Es war angedacht, die vier weiteren Einsendungen von den Spielern mittels Solution Voting Puzzles aus mehreren hoch punktenden Vorhersagen auswählen zu lassen.[8] Dies wurde jedoch verworfen.

Siegreich waren Foldit-Modelle bei den Targets T0581, TR614 und TR624. Außerdem konnten sie sich bei folgenden Targets in den Top 10 platzieren: T0527, T0538, T0579-D1 und TR568.


CASP ROLL Bearbeiten

Hauptartikel zu CASP ROLL

Da es in den regulären CASPs zuletzt nur noch wenige free modeling (FM) targets gab (solche, für die keine ähnlichen Proteine, deren Strukturen man als Vorlage benutzen könnte, bekannt sind), wurde Ende 2011 ein fortlaufender Wettbewerb gestartet, der sich nur auf solche FM Targets konzentriert. Das erste CASP ROLL Target (R0001) wurde am 1. Dezember 2011 gepostet. Zusätzlich zum Foldit-Team als Ganzem haben hierbei auch erstmals einzelne Foldit-Gruppen eigene CASP-Teams gemeldet.


CASP10 Bearbeiten

Hauptartikel zu CASP10

CASP10 startete am 1. Mai 2012 mit dem Target T0644 und endete am 18. August. Zusätzlich zum Foldit-Team als Ganzem hatten bei CASP10 (wie schon für CASP ROLL) die Foldit-Gruppen Anthropic Dreams, Contenders und Void Crushers auch eigene CASP-Teams gemeldet. Außerdem nahm Foldit als Teil der We Fold-Kollaboration teil.


CASP11 Bearbeiten

Hauptartikel zu CASP11

CASP11 startete am 1. Mai 2014 mit dem Target T0759. Zusätzlich zum Foldit-Team als Ganzem haben bei CASP11 die Foldit-Gruppen An Art That's Smart, Anthropic Dreams, Contenders, Go Science und Void Crushers sowie der Spieler wisky eigene CASP-Teams gemeldet. Außerdem nimmt Foldit als Teil der We Fold-Kollaboration teil.


LiteraturBearbeiten

bild der wissenschaft Ausgabe: 4/2010, Seite 18 - Formvollendet - Artikel über Proteinstrukturvorhersage und CASP

NZZ am Sonntag vom 19.09.2010, Seite 57 - Die WM der Biologen PDF (0,4 MB)


QuellenBearbeiten

  1. http://www.predictioncenter.org/news.cgi#15
  2. http://fold.it/portal/node/165875
  3. http://fold.it/portal/node/273682
  4. http://fold.it/portal/node/729520
  5. http://predictioncenter.org/casp9/index.cgi#timetable
  6. http://fold.it/portal/node/987474
  7. http://www.predictioncenter.org/casp9/index.cgi?page=format
  8. http://fold.it/portal/node/987474

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